Самыми важными являются первые настройки и к этому надо отнестись серьезно. Прежде всего следует проследовать в Админка->Пользователи->Настройка прав и настроить права для различных групп. Вы также можете добавлять группы пройдя в Админка->Пользователи->Управление группами. Это важно для того, чтобы пока вы будете приводить в порядок все остальное, никто не занимался самодеятельностью на вашем сайте. Хотя по-умолчанию и настроены оптимальные права.
Далее было бы очень хорошо и полезно пройтись по настройкам всех модулей, начиная с общих настроек системы Админка->Общее->Общие настройки и далее по всем модулям - Админка->%Модуль%->Настройки. Там вы сможете настроить постраничную навигацию, заголовки модулей, а так же ряд более глубоких настроек.
Далее полезным будет посетить Админка->Безопасность->Настройки и настроить уровень безопасности, но помните, что слишком строгие настройки могут приводить к банам пользователей, которые просто нечаянно сов
Бесплатная CMS Atom-X создаётся по принципу непрерывной разработки. Существует, по крайней мере сейчас, один поток разработки, в котором ведётся создание движка, со временем меняя свой характер: от множественных изменений до подготовки к релизу.
Для тестирования рекомендуем использовать самую последнюю версию движка, содержащую последние изменения. Они не всегда стабильны, но именно там быстрее появляются интересные фичи и исправления.
Для создания сайта же рекомендуем использовать релизную версию движка. В процессе разработки иногда к нам приходит понимание, что пора сделать релиз, для этого мы делаем меньше изменений, а больше исправлений багов, и на пике исправлений сохраняем последнюю версию как релизную и продолжаем добавлять интересные фичи.