Ну правильно, если что можно будет посмотреть что происходило. Правда слишком подробный лог имеет и минусы, например слишком быстро увеличивается в объемах)
Думаю можно открыть одно подключение, выполнить что надо. Закрыть. И сразу открыть другое и выполнить что надо уже во второй базе. Закрывается подключение так mysql_close($db);
$db - идентификатор подключения
К стати только сейчас додумался что по ходу можно вообще ничего не закрывать а работать сразу с двумя подключениями по разным идентификаторам. Только тогда в каждом запросе прийдеться его указывать. То есть не просто делать mysql_query(запрос), а так mysql_query(запрос, идентификатор)