Включите дебаг. Он выведет внизу страницы список запросов и время потраченное на их выполнение. Там и увидите много ли времени съедают запросы к БД. Если же это окажется не БД, тогда надо будет думать, разбираться. Но вообще АтомХ выдерживает довольно большие нагрузки. Странно что у вас возникли такие проблемы.